PyMC3で推定した分布の情報を取得する

PyMC3で推定した分布の情報を取得する

SN

11/20 23:46



目的

ここで得た分布(chain)の情報をPyMC3を用いて取得する.


HPDとRの取得


X%HPD とは分布のX%を占める部分のことを指します
Rとは同じ方法で得た複数の分布間の分散と分布内の分散の比のことで分布の収束具合を図ります.分散の値が近いほど収束しているといえるのでRは1に近いほど分布が収束していると言えます




使用したコード


sample.py
pm.forestplot(chain,varnames={'theta'});



結果

image.png


要約統計量の表の取得


mean(平均),sd(標準偏差),mc_error(誤差の推定値),hpd_2.5,hpd_97.5,n_eff(実質的な情報の量(サンプルに自己相関性があるのでサンプル数に比べデータは少なくなる)),rhat_(R)の各データの表を取得します.


使用したコード


sample.py
pm.summary(chain)



結果




名称
mean
sd
mc_error
hpd_2.5
hpd_97.5
n_eff
rhat




theta
0.510073
0.193898
0.006656
0.122101
0.854514
692.018136
1.002912





データをグラフで取得


データのグラフのある場所に縦線を引いたり(ref_val),範囲を指定して図示したり(rope),HPDの範囲を図示したり(alpha_level)出来ます


使用したコード

sample.py

pm.plot_posterior(chain,kde_plot=True,alpha_level=0.05,rope=[0.45,0.55],ref_val=0.5)



結果

image.png

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